平行志愿的投档原则是“分数（位次）优先、遵循志愿”。
具体为：一是执行分数（位次）优先的原则。首先将所有考生分文、理科（春季高考分专业类别）按投档分数从高分到低分进行位次排序。投档时，先对最前位次的考生进行志愿检索，再依次检索以后位次的考生。
二是按照“遵循志愿”的原则。每次检索是按考生填报高校志愿先后顺序依次进行的，当被检索到的高校招生计划未满额时，该生即被投到该高校。考生档案一旦投出，将不再检索该生的排在后面的其他高校志愿。如果考生因几个平行志愿均未满足条件而未被投档，或投档后被高校退回，就只能参加征集志愿录取。
考生位次确定办法如下：文史类按照投档分、语文、文科综合、数学、外语的顺序；理工类按照投档分、数学、理科综合、语文、外语的顺序；春季高考按照投档分、专业知识、专业技能、语文、数学、英语的顺序，依次比对成绩，成绩高者位次在前。考生投档分及各单科成绩均相同时，比对随机码，随机码小的位次在前。随机码在高考前由计算机生成。
需要特别提醒的是，平行志愿只实行一次投档，不再补充投档。
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在平行志愿投档时，一个考生只能投档到一所高校。因为计算机一旦检索到考生符合某一个高校投档条件后，即行投档，不再检索该考生后面的志愿，所以不会被投到其后的高校，更不可能被投档到多个高校。
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