我国高等学校本科教育专业设置是按“学科门类”“专业类”“专业”三个层次来设置。即一个学科门类下面设置若干专业类，一个专业类下面设置若干专业。
学科是是高校教学、科研等的基本功能单位，是对高校人才培养、教育教学、科学研究等隶属范围的相对界定。新专业目录中把学科划分为12大门类：哲学、经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、农学、医学、管理学、艺术学。不同的学科就是不同的科学知识体系。如经济学学科门类包含经济、财政、金融、贸易等领域的知识，工学学科门类包含机械、仪器、材料、电子、土建、地矿、化工、轻工纺织、航空航天、环境安全、食品科学等领域的知识。
专业类是在同一学科知识体系下，根据知识面侧重的不同而分解出来的不同专业类别。如理学分为数学类、物理学类、化学类、天文学类、地理科学类、大气科学类、海洋科学类、地球物理学类、地质学类、生物科学类、心理学类、统计学类。这些专业门类具有相同的理学特性，但相互之间又侧重不同的知识范畴。
专业比专业类更加具体，是在一个专业门类里派生出来的具体方向。在一个学科，可以组成若干专业。如土木类就包含土木工程、建筑环境与能源应用工程、给排水科学与工程、建筑电气与智能化四个专业。在不同学科之间也可以组成跨学科专业。如过程装备与控制工程，横跨机械工程和化学工程两个学科。
学科和专业的核心区别在于其构成和目标不同。学科的构成要包含研究的对象或研究的领域，即独特的、不可替代的研究对象;理论体系，即特有的概念、原理、命题、规律等所构成的严密的逻辑化的知识系统;方法论，即学科知识的生产方式。专业的构成要素主要包括：专业培养目标、课程体系和专业人员。培养目标即专业活动的意义表达。课程体系是社会职业需要与学科知识体系相结合的产物，是专业活动的内容和结构。课程体系的合理设置与否、质量高低、实施效果好坏直接影响人才培养目标的实现状况。
学科发展的目标是知识的发现和创新。专业的目标是为社会培养各级各类专门人才。专业是学科承担人才培养职能的基地；学科是专业发展的基础。一所高校的人才培养质量如何，取决于其学科、专业水平的高低。
